公元前260年，秦伐赵，爆发了历史上著名的“长平之战”。结果赵国被灭，赵国的流民在荆爷爷的带领下逃出赵国，在“快活谷”中隐居起来，过起了世外桃源的生活。
时光荏苒，几年后荆爷爷在一次与山贼的对抗中死去。庆及好友樊于期都长成了翩翩的少年，他们都心爱的女孩小沪也变成了亭亭玉立的少女。身为秦人的樊于期回到了秦国成为白起将军手下的一名得力战将。荆轲与小沪逃亡齐国，小沪不堪忍受颠沛流离、食不果腹的流亡生活，离开荆轲沦落青楼后嫁给当地富贾贾满贯，被小沪抛弃的荆轲伤心不已。受尽贯摧残的小沪和贯的贴身护卫聂无涯勾搭并合谋杀害贾满贯遂嫁祸于荆轲身上。绝望的荆轲被田光救出加入了“天灭”组织，从此走上了刺客的生涯。
樊于期虽然屡立战功得到秦王的赏识，但他心中依旧心系和他一起长大的伙伴。秦王将自己的公主许给樊于期也没能减弱期对小沪的思念。秦王对期的赏识招徕丞相吕不韦的不满，一场宫廷斗争也随即愈演愈烈。
荆轲从师于“天下第一剑”——盖聂，成为一名身手不凡的刺客。在一次执行任务中荆轲杀死深爱自己的女孩采儿，伤心欲绝的荆轲也在此时遇见了他一生的重要知己高渐离。荆轲感觉刺客的生涯离自己理想的生活越来越远，当他遇见圣女云兮的时候这种感觉越发强烈，终于云兮的死唤醒了荆轲，使他决定不再做刺客，去寻求那种没有杀戮的世界。
燕子丹被燕王喜作为人质送到了秦国，私自放走燕子丹的樊于期被秦王囚禁起来。一直深爱着樊于期的蒙嫣以死救出期，樊于期悲痛欲绝，在燕子丹和田光的恳求下，樊于期决定留下率领燕军与前来伐燕的秦军决一死战。此时的荆轲暂住百里香客栈，实为刺客身份的老板娘喜鹊对他百般挑逗荆轲却依旧无动于衷，他只想立即找到田光脱离刺客组织。
由于燕王的委曲求全、燕臣翼的泄漏军机，使得燕军被秦军大败。燕子丹不甘心亡国决定孤注一掷——刺杀秦王，这个任务非荆轲莫属……